Nous sommes en CE 73, la guerre entre Zaft et l'EAF fait rage cependant ça semble être la fin après la mort du Président Durandal.
Mais sur Orb un problème survient, la nation se voit diviser en deux groupe, Serpent Tail et Junk Guild. Des groupes bien différent et qui se haïssent car ils n'ont pas la même conception de la paix. Serpent Tail vaut contrôler la Terre entière pour ensuite se diriger vers les Plants alors que la Junk Guild se contente de repousser les assaut de ce camps méprisable.
Cagalli yula Athha s'est ranger du coté de la Junk Guild et qui en a repris la direction, suivie par Asran et les citoyens d'Orb ayant les mêmes idéaux. Lacus Clyne l'aide ainsi que Kira Yamato et c'est ainsi que la Junk Guild possède ce qu'il faut pour repousser Serpent Tail.
L'EAF est diriger par Morgan Chevalier qui avait reprit la direction des OMNI Renfort et du Phantom Pain et il continue de lancer des assaut contre Zaft. Plant est diriger par Heine Westenfluss qui a survécu miraculeusement à la guerre et qui fait de Zaft une nation pacifiste, ce qui plait aux citoyens.
Voilà donc deux guerre ensemble dans le même monde mais cela ne détruira-t-il pas le monde ?